徐慧军现为青岛市海慈医疗集团妇一科主任，注重学科建设及人才培养，带领科室获批山东省中医药重点学科建设项目、青岛市重点学科、青岛市中医特色专科、国家药物临床试验资格认定专业；带领科室团队入选全国、省级、青岛市优秀人才培养计划。现担任海慈医疗集团中医不孕不育症门诊带头人、孕育调养指导门诊带头人、青岛市拔尖人才（2019年度、2021年度）、多个市级专委会副主委、青岛市中西医结合妇科学会主委，与山东中医药大学附属医院生殖与遗传中心合作，建立生殖健康中心，引进国家中医药领军人才岐黄学者连方教授并建立工作室。带领团队进行多项GCP药物临床试验，在岛城开展妇科疾病“冬病夏治”，近10年门诊前来冬病夏治三伏贴敷治疗的患者累计4000例左右，并取得良好的临床疗效和社会效益。近年来，团队成员积极深入社区、学校及企业进行妇科疾病和养生保健科普教学，并致力于建立如痛经、PCOS、妇科肿瘤等妇科慢特病健康管理的构建，便于为患者提供更好的服务。
徐慧军主任带领团队应用中医药及中西医结合治疗各种月经病、不孕症、复发性流产及生殖内分泌疾病等。以中药周期疗法为主，脐灸、针灸等中医外治法治疗排卵障碍性疾病尤其多囊卵巢综合征、卵巢早衰等疑难病症；针对不孕症尤其盆腔因素导致的不孕症，采用中西医结合疗法，运用中医药治疗如中药涂擦、中药熏蒸、脐灸等，运用宫腹腔镜技术帮助患者尽快妊娠和术后恢复；中西医结合治疗不明原因和血栓前状态复发性流产，生殖免疫性疾病等，取得较好的妊娠率；试管婴儿前中医药调治，改善卵子质量和子宫内膜容受性。同时开展了针对妇科恶性肿瘤患者制定符合个体情况、最优化合理的中西医诊治方案，明显提高了患者的生活质量。现个人年门诊量1万余人次，临床工作至今，接诊患者超过15万例。
主持、参与科研课题10余项，发表论文近30篇，其中SCI论文2篇。荣获全国妇幼健康科技奖自然科学奖三等奖1项、山东中医药科学技术奖三等奖3项、山东中西医结合科学技术奖三等奖1项，青岛市科技进步奖三等奖1项。研究成果《调更益经汤对免疫性卵巢早衰小鼠的实验研究》建立免疫性卵巢早衰小鼠模型，证明该方具有补肾活血、疏肝健脾功效，对免疫性卵巢早衰病症的治疗有良好的临床应用前景。《安冲汤（＜医学衷中参西录＞）止血调经的临床观察及机理研究》、《基于开阖枢理论探讨柴桂干姜汤治疗围绝经期综合征的治疗思路》等课题研究，拓宽了临床治疗疾病的思路，具有广阔的应用前景，产生了良好的经济效益和社会效益。
